Molécule organique de petite taille (généralement < 1500 Da) résultant des réactions du métabolisme cellulaire. Comprend les substrats de départ, les intermédiaires réactionnels et les produits finaux des voies métaboliques. Peuvent être endogènes (produits par l'organisme : hormones, neurotransmetteurs, acides aminés) ou exogènes transformés (médicaments, nutriments, xénobiotiques). Leur analyse (métabolomique) révèle l'état physiologique ou pathologique. Certains métabolites servent de biomarqueurs diagnostiques ou pronostiques.