Terme désignant historiquement l’ensemble des micro-organismes (bactéries, archées, virus, champignons, protozoaires) colonisant naturellement un écosystème corporel spécifique : peau, bouche, tractus digestif, voies respiratoires, système urogénital. Actuellement remplacé par « microbiote », plus précis. Ce consortium microbien, unique à chaque individu, joue des rôles essentiels : digestion et synthèse de nutriments (vitamines K, B), barrière contre pathogènes, éducation et modulation immunitaire, production de métabolites bioactifs (acides gras à chaîne courte). Sa diversité et son équilibre (eubiose) conditionnent santé globale ; son déséquilibre (dysbiose) est associé à pathologies digestives, métaboliques, immunitaires. Préservation : alimentation diversifiée, fibres prébiotiques, probiotiques, limitation antibiotiques et stress.
